“空间转录组学”（ST）是一种能够全面调查组织样本中所表达的基因位置、种类、数量的研究方法，相关研究也正在不断取得进展。近年来，新出现的分析技术使得从分子层面理解组织内细胞功能及变化与疾病之间的关系成为可能。然而，由于实验费用高昂且数据复杂，存在非专业人士难以进行分析的问题。
京都大学医生物学研究所的Vandenbon Alexis副教授汇总了此前发布的各种组织的ST数据，开发出了一款无需自己实验即可轻松浏览和分析的数据库“DeepSpaceDB”，并于近日免费公开。截至2024年12月，该数据库收录了1011份人类组织样本和633份小鼠组织样本数据，基本涵盖了通过美国国家生物技术信息中心（NCBI）等机构发布在ST主要平台“10x Visium”上的数据。
图：DeepSpaceDB中的任意基因的空间表达分布图。可以浏览组织样本中所表达的基因的位置、种类、数量。
DeepSpaceDB对采样组织和疾病状态等信息进行了详细核查，并对其进行整理以便于分析，用户可以查询任意基因的表达位点，以及某项机能处于激活或失活状态时的位点。通过使用该DB，有望揭示如在癌症组织中的何处存在何种状态的细胞等，从而有助于阐明疾病的病因和病理。（TEXT：JST广报课 中岛彩乃）
原文：JSTnews 2024年12月号
翻译：JST客观日本编辑部
