2000年以来，非结核分枝杆菌病（NTM）在日本迅速增加，患病人数已超过结核。NTM是分枝杆菌属细菌中除结核分枝杆菌和麻风分枝杆菌以外种类的总称，由于不同菌种和亚种的治疗方针各不相同，为了进行合适的治疗，需要在亚种层面上进行准确的鉴定。
大阪大学免疫学前沿研究中心自然免疫学特任助理教授福岛清春、大阪大学微生物病研究所传染病元基因组研究领域特任助理教授松本悠希、中村升太副教授等人组成的研究团队，与大阪刀根山医疗中心的木田博呼吸内科部长等共同研发出了一种利用云计算的新型NTM诊断方法。相关研究成果已发表在《Journal of Clinical Microbiology》上。
NTM肺病的诊断需要2至8周的培养试验，如果包括亚种鉴定和药敏试验则需要1个月以上，所以需要大量的检查时间和费用。
研究团队通过结合使用涵盖175种NTM的大规模基因组数据库和应用已知耐药基因的耐药性预测算法，通过纳米孔测序和核心基因组分析，能够在培养样本中最多3天以内进行亚种鉴定及预测耐药性突变。研究团队还通过云计算构建了即使在远距离的医疗机构也能及时收到结果的系统。只需在医院检查室进行简易的基因测序，再将数据发送到微生物病研究所的云端上，约10分钟左右即可鉴定出可能性较高的菌株。
大阪刀根山医疗中心对116例新发/已确诊的NTM病例进行了前瞻性研究，结果显示，菌种层面的鉴定正确率为99.1%，亚种层面的鉴定率为84.5%，抗菌药的大环内酯类耐药和阿米卡星耐药的特异度分别可在97.6%、100%。另外，对该系统反复检测出无法识别菌种的NTM肺病症患者进一部分析后，发现菌3个新种。
福岛特任助理教授表示：“此次研究中有20%的人对大环内酯类药物有耐药性，可见耐药菌正在增多。为了能在实际的诊疗中使用该方法，目前正在与厚生劳动省进行磋商。”
原文：《科学新闻》
翻译：JST客观日本编辑部
【论文信息】
期刊：Jounal of Clinical Microbiology
论文：MGIT-seq for the Identification of Nontuberculous Mycobacteria and Drug Resistance: A prospective study
URL：journals.asm.org/doi/10.1128/jcm.01626-22
