日本国立传染病研究所8月5日公布的一项新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因分析结果表明，拥有6个碱基突变的新基因序列新冠病毒从6月份开始从东京蔓延至日本全国。
日本国立传染病研究所的调查显示，3月份之前，拥有武汉病毒株基因序列的新冠病毒进入日本，在导致包括“钻石公主号”在内的聚集性感染之后被平息；进入3月份之后，拥有欧洲病毒株基因序列的新冠病毒开始在日本全国各地引起多起聚集性感染，此番疫情也于5月下旬暂时平息；但6月中旬以后，以东京为中心，突然出现了拥有新型基因序列的病毒，目前日本全国各地迅速增加的阳性患者大多都感染了这种拥有新基因序列的新冠病毒。
图1：在日本发现的新冠病毒基因组碱基突变关系图。图中显示，日本最早出现的新冠病毒株与武汉同源；3月中旬以后，来自欧洲的新冠毒株在日本全国同时引起多起聚集性感染（右侧中央的●背景），其周围部分发生出现1-2个碱基突变的地区特征性聚集性感染（米黄色背景），并随着日本进入紧急状态逐渐收敛。而目前日本全国正在迅速增加的阳性患者大多都属于另外一个基因组群（粉色背景）。与来自欧洲的新冠毒株相比，从3月至6月的3个月期间有6个碱基发生突变，但在这3个月里并未发现明确连接基因突变和患者的聚集性病例，所以尚不清楚感染源。估计在这段时间里，很可能是轻症患者或无症状阳性者所携带病毒发生了基因突变。
世界各地的研究所正在紧急解码SARS-CoV-2基因组序列，截至2020年7月25日，已经录入46,000名患者的SARS-CoV-2基因组序列（适合用于基因组分子流行病学的全长序列）。日本国立传染病研究所也确定了新冠病毒SARS-CoV-2（单链正链RNA病毒，全长29.9kb）的基因组序列，目前正在分析聚集性感染特有的基因信息以及聚集性感染之间的共性。
日本国立传染病研究所的研究团队从日本各地收集了3618名日本患者、70名钻石公主号游轮的乘员与乘客患者，以及67名机场检疫所检测出的阳性患者（包括外国人）的SARS-CoV-2基因组序列。
从这些基因组信息中提取碱基突变，绘制出了上述表示病毒株亲子关系的关系图（图1）。据专家们推测，SARS-CoV-2的突变速度目前为24.1个碱基突变/基因组/年（即1年有24.1个位置发生突变），日本国内的新冠病毒基因突变的趋势也与此基本相同。这表明，自2019年年底爆发疫情以来，经过约7个月的时间，整个基因组平均约有15个碱基随机发生了突变。
文：JST客观日本编辑部
