客观日本

【新型肺炎】全球科学家合力绘制病毒分子地图,探索病毒与宿主间相互作用机制

2020年05月18日 生物医药

日本庆应义塾大学理工学部生命信息学科的舟桥启副教授、系统生物学研究机构(SBI) 及冲绳科学技术大学院大学(OIST)的北野宏明教授,与卢森堡大学的Marek Ostaszewski博士及Rudi Balling教授和Reinhard Schneider教授等全球各地的研究人员合作,在计算机上构建了关于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)与宿主之间相互作用的整个分子过程。作为与SARS-CoV-2病毒-宿主的相互作用机制有关的详尽且规范的知识数据库,这个COVID-19 Disease Map(COVID-19分子地图,doi: 10.17881/covid19-disease-map )是由全球29个国家81家机构的163人组成的研究团队联合发布的。该分子地图直观地探索了与SARS-CoV-2病毒的入侵和复制、宿主-病原体之间的相互作用、免疫反应宿主细胞的恢复和修复机制有关的分子过程,可作为计算机解析的平台使用。

研究内容与成果

该项目由全球29个国家81家机构的163名临床研究人员、生命科学家、科学文献管理研究人员(Curator)、计算生物学家和数据科学家共同推进的开放式合作项目。COVID-19分子地图的基础技术采用舟桥启副教授和北野宏明教授2000年初开始开发的关于分子间相互作用机制的标准化技术SBML(系统生物学标记语言)和SBGN(系统生物学图形符号)。另外,构筑COVID-19分子地图的工具采用舟桥副教授和北野教授开发的分子地图绘制和编辑软件CellDesigner

COVID-19分子地图目前包括病毒的复制周期和转录机制等13种分子地图。这些资源全部可以参考以下网页
https://fairdomhub.org/projects/190#models

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图:COVID-19分子地图的结构

未来展望

考虑到新型冠状病毒感染症的多细胞和多器官感染性质以及基础分子机制的复杂性,此次发布的COVID-19分子地图设计成了各分子地图上的要素相互关联的分层结构。由于采用这种灵活的结构,而且是开放交流的项目,随着对疾病的认识越来越清晰,COVID-19分子地图将进一步发展,有望为查清新型冠状病毒感染症做出贡献。

论文信息
题目:COVID-19 Disease Map, building a computational repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms
期刊:Scientific Data
DOI:10.1038/s41597-020-0477-8

日语发布原文

文:JST客观日本编辑部

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