进入21世纪后，科技政策几乎完全集中到了作为指挥塔的日本内阁府和作为执行部队的文部科学省这两个部门。当时的小泉政权提出了将生命科学和纳米技术等尖端技术的产业化作为一大支柱的经济振兴战略，科技政策与该战略统一步调，明确了大学、研究机构与民营企业之间开展产学合作的必要性。
2001年版《科技白皮书》（2002年6月发布）强烈要求推进技术创新和产学合作，为此在京都举行了旨在推进产学官合作的第一届会议。之前合作总是感觉碰壁的大学与产业界由此开始正式对话。
第一届产学官合作推进会议的召开信息
在会议上，大学介绍了自己已经拥有大量创新种子（seeds），以及采用大学技术的初创企业正快速增加的情况。政府提出3年内使大学参与的初创企业达到1000家的目标，2001年新诞生92家，当时合计已超过250家。
会议还介绍了美国产学合作取得成功的事例，并公示了两项理念和原则：（1）大学的使命归根结底是教育和基础研究，应该重视与产业关系并不密切的学术领域；（2）产学合作要尊重大学、产业界和地区的自主性，政府应避免过度参与。
产学合作发展过程中的核心关键为“技术创新”。2006年9月第一次上台的安倍内阁提出了“通过技术创新促进经济增长，从而实现‘美丽日本’”的政策。高市早苗被任命为创新担当大臣，她立即举行了讨论2025年之前要实现的长期创新战略的私人恳谈会“创新25战略会议”，并从日本学术会议会长以及产业界和学术界中遴选出了6名专家。
2006年度开始的第3期科学技术基本计划（2006年度～2010年度）中也提出：“融合发展以往的科学发现和技术发明，实现创造新社会价值和经济价值的创新”，预计这一期间的政府研究投资总额为41万亿日元（第1期为17万亿日元，第2期为24万亿日元）。
第3期的投资领域继承了第2期的“知识创造”、“国际竞争力”及“安全优质的生活”三项目标，同时还提出了更加具体的政策目标。其中大目标共6项，包括突破科技极限、兼顾环境和经济等，中期目标共12项，包括解决地球变暖和能源问题、实现泛在网络社会等。
另外，在解决国家和社会政策课题的研究开发方面，继第2期之后，继续将生命科学、纳米技术与材料、信息通信、环境4个领域作为重点和优先投资领域。此外，还提出向以下4个推进领域重点分配资金：能源技术、交通网等社会基础设施、太空等前沿技术、制造技术等事关日本未来存亡的基础课题。
2007年5月发布了“创新25战略会议”最终报告。该报告与每5年制定一次的科学技术基本计划相比，展望了更加长远的2025年计划实现的社会形态，同时还写入了旨在实现这种社会的政策发展蓝图（规划表）。
报告中提出，2025年的日本要克服癌症和脑卒中等，实现“终身健康的社会”，要大幅减少自然灾害的受灾等，实现“安全放心的社会”，针对全球性的问题，要实现“能为解决世界性课题做贡献的社会”。另外，作为有助于实现这种社会的创新政策的推进方式，提出了“社会体系改革”和“技术创新”两种方式。关于“技术创新”，作为国家正快速推进的项目，提出了“实现使丧失的人体功能再生的医疗”以及“生物质资源的综合利用”等。不过，报告中没有提出任何有时间限制的目标。
从此，冠以“创新”之名的政策目标一个接一个出现。2009年度的补充预算和2010年度的预算编制中提出了实现环境和能源领域的技术创新的“绿色技术创新”，此外还提出了旨在实现健康社会的“生活技术创新”。通过药品和医疗器械开发实现经济增长及提高医疗和健康水平的“医疗技术创新”也是其中之一。
不过，“创新”口号提出后，发生了两件标志性事件，迫使创新政策减速。首先是在2009年至2013年的约5年里，当时得民主党执政。其次是2011年3月11日发生了以东北地区为中心的东日本大地震以及由此引发的海啸导致的东京电力福岛第一核电站事故。
这两件事从推进创新的角度来说虽然是暂时性事件，但的确是减缓了创新的速度。
民主党政权上台后，为了大规模改变自民党政权此前的施政方针，提出了“由官僚主导变为政治主导”以及“实现预算编制的透明性”政策，具体实施了“事业甄别”。虽然舆论调查等显示事业甄别广受诟病，遭到了教育机构和研究机构的强烈批评和抗拒。
科技方面，计划在超级计算机领域实现全球最快速度的理化学研究所的“京”在事业甄别中被民主党议员莲舫质疑“必须是第一才行吗？第二不可以吗”，阻碍了尖端技术的开发。当然了，事业甄别对于以往只要是尖端技术领域，不管什么都一窝蜂上马的做法进行刹车还是有必要的。
鸠山执政的民主党政权基本只维持了1年时间，在后继的菅直人执政时代，2011年3月发生了东日本大地震。虽然当时的政权被指出对地震和海啸等应对不力，但这场史无前例的灾难加深了人们对“互相帮助”、“纽带”、“志愿者”及“重建复兴”等词语的传播和认识。海外各国也纷纷向日本提供了援助。与此同时，在科技领域，对立足未来的尖端技术开发的关注被暂时封印起来。
东日本大地震发生后不久发布的2011年版《科技白皮书》中承认，未能充分利用之前积累的科技成果，同时大幅减少了关于核能研发的表述，另外还强调，不仅是核能，还需要大幅调整能源和科技政策。第二年的2012年版白皮书指出：“国民对科学家的信任严重下将，对核电的安全性等科学技术的不安感增强”。白皮书分析认为，原因在于政府未能应对地震和核电站事故的风险，也没有向国民准确地提供科学知识。
文: 泷川 进
翻译编辑 JST客观日本编辑部
