学生在赴日前可以申请日本政府奖学金，赴日后可以申请各种民间团体的奖学金。申请资格、支付条件等因奖学金的种类有所不同。自费留学生当中奖学金的获得比例为，硕士46.5%，博士56.2%。
另外北海道大学还有学校自设的奖学金制度：
大学校长奖学金(资助对象为由友好学校推荐的特别优秀的研究生)
奖学金额度：每年150万日元(相当于11万5千人民币)
第一年为200万日元(相当于15万人民币)
自费外国留学生特待制度(资助对象为特别优秀的博士研究生)
奖学金额度：每年150万日元(相当于11万5千人民币)
第一年为200万日元(相当于15万人民币)
中国国家建设高水平公派研究生项目(资助对象为获得中国留学基金委该项目资助的研究生)
奖学金额度：相当于学生所要支付学费的额度
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