日本是可以自由行的，签证名叫个人旅游观光签证，有效期90天/最长停留15天的这个比较容易申请。
个人不能直接前往领馆提交申请材料，必须由领馆认可的旅行社帮忙提交。
一般你听说过的旅行社都可以办理，这个也可以在领馆网站上查询。办理签证必须包括旅程信息（即机+酒）。
楼主在哪个城市？ 各个领区要求的资格可能有微妙差异。我听说北京要求比上海严格些。
我在上海领区，去年9月提交的资产证明和材料如下：
1.护照原件（新老护照，老护照遗失的要提供遗失证明）
2.2张2寸白底彩照（半年内）
3.身份证（正反）复印件
4.户口簿（全本）复印件
5.在职证明，需体现10万以上年收入（尽量公司抬头纸打印，公章）
6.公司营业执照（副本）（加盖公章）
7.签证申请表（双面打印）
8.个人资料表和个人信息同意处理书
9.机票和酒店预订单（必须体现所有签证人的姓名等信息）
10.完税证明（近6个月）
11.工资卡银行流水单（近6个月，银行盖章）
没有交5W以上押金或存款证明
什么材料证明最好：
•完税证明，工资卡对账单，是最硬的证明
•其他资产、房产和车子证明也是有利于你的签证的
•直系亲属提供的材料也能帮助你证明，因此学生应该也可以签自由行签证
•押金，这个需要看你的材料份量，一般旅行社的口径都是需要交的，因为领馆需要审核你的材料之后才能判断是否需要你缴押金，并且可能5W-25W不等。
一些旅行社的自由行，有些团长会扣押你的护照，有些团长不会，这个要看具体情况。我去过的锦江自由行团就没有扣押。这个就看个人自觉了。锦江的导游说，就上海领区来说，一般有去日本自由行的经济能力的人，想黑掉的也很少。
我去年10月去的时候酒店和机票是自己订的，因为便宜、方便、适合自己的行程计划。
签证在淘宝上找了一家评价还可以的，查下来似乎是康辉的下级代理，价格600，顺丰包邮。
（附上连接，还降价了^^; 日本签证 包出签 拒签退款 材料简捷 日本旅游签证 限上海领区-tmall.com天猫）
一般办理是8个工作日。去年9-10月中日关系比较敏感，本来担心签不下来，结果花了10个工作日左右，终于还是到手了。
我建议，楼主第一次去的话，就找一家靠谱一点的旅行社购买自由行产品吧，办签证的过程相对轻松些。
比如购买携程的自由行产品，也就是订了携程机+酒的话，携程的签证产品是300（这个价格是我见过最便宜的），不订机+酒则需要850。淘宝上最低还见过400的，不过材料要求相对就高了，一般都需要押金，我个人是不喜欢缴押金的，就折中了一下。
楼主考虑自己的情况选择吧。^^
