日本的大学总数为780所（国立86所、公立95所、私立599所），在籍学生人数为2,893,489人。两年制专科院校为387所（公立24，私立363），在籍学生人数为150,007人（2011年度）。

1877年，东京大学诞生以后，各地陆续创建了各类大学。其中的大部分建于江户时代。比如说东京大学，最早是在1797年，由当时幕府昌平坂学问所的儒学家林罗山开设的私塾。私立庆应义塾大学，则是福泽谕吉于1858年开设的洋学私塾。

在明治的近代化过程中，日本的大学掀起了向西洋学习的风潮。在第二次世界大战后，日本完成了复兴以及高度经济成长。大学教育为其提供了人才和技术。并培养出诸如山中伸弥博士等著名科学家，为世界的科技领域做出了贡献。包含山中教授在内，过去共有19人获得了诺贝尔奖（其中一人获奖时已加入美国国籍）。除了和平奖以及文学奖获得者，企业在职研究人员的5人以外，其它均为大学研究人员。

现在，日本的大学为顺应全球化的发展，在文部科学省的主导下，为调整教育体制做了各种各样的改革。譬如，推出了以构筑世界尖端研究生院、充实大学教育以及提高教学质量为目的的《支援大学教育改革》、《构筑实现大学教育全球化体制》、充实高度医疗人材培养功能以及以强化大学医院功能为目标的《强化培养高度医疗人材和大学医院功能》，推进高质量大学教育项目、具有特色的大学教育支援项目、以支援发掘现代教育需求等为支柱的《大学教育推进项目》等。

大学的改革，以"国际性"、"通用性"、"开放性"为关键词，从1980年代开始不断推进。最近较广泛的话题是，东京大学主导的春季入学转为秋季入学，以及与包括建立海外教育基地在内的与海外大学间的协作。

颇具个性的红门可谓东京大学的象征。最近率先导入的秋季入学试点，或可视为学制改革的先声。